隨著高通量二代測序 (NGS) 技術在臨床應用和研究中逐漸普及，基于該技術的檢測已成為腫瘤診療過程中必不可少的手段。為了進一步貼近臨床需求，提供更全面、更精準的檢測，迪安診斷新升級泛癌種實體瘤Panel“OncoPrimeTM v2.0”，通過“尋求靶向捕獲全流程最優解決方案、優化特殊變異類型區域的探針設計、提升捕獲性能及變異檢測能力、新納入多個免疫治療相關指標”等舉措，助力臨床個性化精準診療。
覆蓋全面解讀精準，一站式解決臨床需求
OncoPrimeTM v2.0腫瘤個體化基因檢測覆蓋范圍更全面、位點解讀更精準、產品檢測更具性價比，一站式解決臨床四大需求。
OncoPrimeTM v2.0一站式解決臨床四大需求
在靶向治療方面，已覆蓋與全部靶向治療相關的基因，對獲批或專業指南共識推薦、臨床及臨床前研究相關的靶向治療藥物進行實時更新。此外，也對國內外招募中的臨床試驗進行了收錄，根據癌種信息及檢出情況可有針對性的推薦臨床試驗，為患者提供權威專家團隊診療指導的同時也可減輕患者的經濟負擔。
在免疫治療方面，對免疫治療相關指標進行升級，通過對多個指標的綜合評估為腫瘤免疫治療提供精準的靶標，給患者帶來了更多的治療選擇和希望。
在腫瘤遺傳風險解讀方面，嚴格按照ACMG遺傳變異分類標準與指南，對遺傳變異致病性進行評估。
在化療療效及毒副作用預測方面，緊跟藥物基因組學專用數據庫PharmGKB的更新狀態，將化療藥物與基因位點多態性進行信息關聯，并根據數據庫證據等級分級進行用藥推薦。
NGS靶向捕獲全流程解決方案升級
探針設計升級，檢測數據更優質
OncoPrimeTM v2.0進一步優化了探針設計，根據DNA中鳥嘌呤和胞嘧啶所占的比率 (GC含量) 動態調整了探針鋪設密度，對于常規捕獲法難抓取的小插入/缺失 (Indels) 區域，采用側翼捕獲的方式額外補充探針，最大程度保證了捕獲的均一性。對于串聯重復度高的微衛星不穩定性 (MSI) 區域位點，優化了上下游設計策略，確保每個位點有3-4根安全探針，實現了MSI區域的均一捕獲。
進一步優化樣本建庫及雜交捕獲體系，兼容FFPE樣本與cfDNA樣本，可實現>70%的捕獲效率。升級后的panel不存在顯著的捕獲GC偏好性，捕獲均一性可達90%（如下圖所示）。
OncoPrimeTM v2.0捕獲性能評估
變異檢測能力提升，檢測數據更可靠
通過優化配對檢測方案，OncoPrimeTM v2.0在檢測精度和靈敏度方面也有了顯著提升，可以更加準確地識別和區分腫瘤相關變異。不僅包括常見的單核苷酸多態性 (SNPs) 和Indels，還涵蓋了基因融合 (Fusions)、拷貝數變異 (CNVs) 等復雜的基因變異類型。
對腫瘤組織樣本、cfDNA樣本分別使用OncoPrimeTM v2.0與升級前的Panel進行檢測，檢出位點的頻率一致性達95%以上，且真實低頻位點檢出率更高（如下圖所示）。
OncoPrimeTM v2.0變異檢測能力評估
免疫治療相關檢測指標迭代升級
WES擬合與約登指數法雙算法聯合，得到最優TMB算法和閾值
OncoPrimeTM v2.0基于國際主流算法，對腫瘤突變負荷（TMB）計算進行了進一步的升級。通過收集TCGA數據庫、迪安診斷臨床基因組中心自有樣本庫及回顧性研究數據，比較全外顯子測序 (WES) 分析和本產品分析算法計算的TMB數值，繪制ROC曲線并計算各個可能閾值的敏感性、特異性以及約登指數，并經臨床樣本的回顧性驗證，最終確認了與WES一致性最高的TMB計算規則和判定閾值。在本產品檢測范圍內，OncoPrimeTM v2.0與WES平行檢測的TMB-H樣本中，二者檢出位點及頻率一致性大于95%，且與TMB水平評估結果一致（如下圖所示）。
OncoPrimeTM v2.0與WES平行檢測TMB-H樣本位點一致性分析
多項分布聯合位點判別分析，實現樣本MSI水平的精準分析
OncoPrimeTM v2.0通過一個多項分布模型來量化每個腫瘤樣本的聚合酶滑移，并引入了一種判別位點選擇方法來實現MSI單腫瘤或配對樣本的檢測。當位點的測序深度＞100X時，AUC即可達到0.99以上，實現了對腫瘤樣本MSI水平的精確分析。采用更新后的MSI算法分析110個位點，可以精確區分出MSS位點與MSI-H位點，且區分度較高（如下圖所示）。
OncoPrimeTM v2.0升級算法區分不同水平MSI位點
升級HLA分型和腫瘤新抗原，為腫瘤免疫治療提供精準的靶標
人類白細胞抗原（HLA）的多樣性能夠在一定程度上量化免疫系統的能力。研究發現，HLA-I分子雜合性越高，免疫檢查點抑制劑獲益可能性越大，如果同時考慮TMB，獲益可能性會更大。
OncoPrimeTM v2.0對NGS測序數據進行HLA分型，包括HLA-A、HLA-B、HLA-C三個HLA-I型基因，與傳統PCR方法相比，準確度可達到95%以上。
而腫瘤新抗原 (Neoantigen) 是腫瘤細胞中突變基因編碼的產物，能激活腫瘤特異性免疫應答?；谀[瘤新抗原制備的腫瘤疫苗，提高了腫瘤治療的針對性和有效性。此外，腫瘤新抗原也應用于過繼細胞療法。
OncoPrimeTM v2.0通過分析檢測到的單核苷酸變異 (SNVs) 和小片段Indels得到潛在的突變肽段，并對突變肽段以及相應野生型肽段與HLA的親和力進行預測，同時計算Neoantigen分值，最后在報告中篩選出得分較高的腫瘤新抗原進行展示。
迪安診斷臨床基因組中心
迪安診斷是國家首批腫瘤診斷與治療項目高通量基因測序技術臨床應用試點單位、首批基因檢測技術應用示范中心。
迪安診斷臨床基因組中心嚴格按照ISO 15189認可和美國CAP認證要求進行實驗室標準和規范的管理，具備自主研發、樣本檢測、生信分析、報告解讀、遺傳咨詢等綜合能力，積極參加并高水平通過NCCL、CAP、EMQN等多項高通量測序室間質評。中心開發了基于全外顯子測序、家系全外顯子測序以及全基因組測序的遺傳病分析服務，能夠助力各類遺傳性疾病的篩查與診斷。
